داستان بازی در شهر Gotham جریان دارد که به صورت دنیای آزاد طراحی شده است. این شهر خیلی بزرگ و وسیع است و بعد از ماجراجوییهای Batman در «شهر گاتهام» (Gotham City)، اوضاع در آن بهتر شده و میزان جرم و جنایت خیلی کاهش پیدا کرده است. اما در شب هالووین، scarecrow که به نظر میرسد از اتفاقات عجیب و غریب در تیمارستان Arkham جان سالم به در برده، شروع به پخش سم خود در سراسر شهر میکند. این کار او، مردم را به شدت میترساند و در عرض یک هفته، شهر کاملاً خالی میشود، تنها پلیسها، خلافکاران و Batman در شهر باقی میمانند .
در طول بازی، هدف Batman دستگیری scarecrow و افرادش است و در طی اتفاقاتی، او با فردی به نام شوالیه آرکهام ( Arkham knight) و سپاهش آشنا میشود. Arkham knight که تنفر عمیقی از Batman دارد، همکار scarecrow بوده و در سراسر شهر تانکهای مختلفی را برای کشتن Batman و کنترل شهر قرار دادهاست.
همچنین، خودروی خاص بتمن، یعنی Batmobile، در این ماجراها همراه اوست.